Dans l'organisation et l'activité de ses laboratoires, le CNRS est associé aux établissements d'enseignement supérieur et de recherche : les universités d'Orléans, de Tours, de Poitiers, de Limoges, à d'autres établissements de recherche tels que le BRGM et l'INRAE, et aussi à des écoles d'ingénieurs : l'INSA, l'ISAE-ENSMA. 

Le CNRS a des liens forts avec les collectivités territoriales qui financent notamment des projets de recherche par les contrats de plan État-Région ou des fonds européens FEDER. Les Conseils régionaux apportent un appui significatif aux laboratoires du CNRS afin de favoriser le développement de la recherche scientifique et technologique ainsi que de l’innovation.

Le 20 mars 2019 la Région Nouvelle-Aquitaine et le CNRS ont signé un protocole de coopération pour soutenir et renforcer les capacités de recherche et d’innovation sur les territoires de la région (dont Poitiers et Limoges) par un dialogue opérationnel souple et réactif.

Par convention du 19 février 2021, la Région Centre-Val de Loire et le CNRS ont convenu en particulier d’œuvrer ensemble à :

• Impulser une dynamique de recherche de manière générale et plus spécifiquement sur les thématiques différenciantes en Région Centre-Val de Loire,
• Valoriser la recherche pour amplifier son impact socio-économique,
• Conforter les implantations de laboratoires de recherche à forte visibilité à l’échelle européenne voire internationale,
• Mettre en œuvre une politique partenariale ambitieuse au développement de l’emploi scientifique et technique,
• Apporter un appui aux politiques publiques et à l’expertise,
• Contribuer au dialogue sciences-société.

Le CNRS est en lien avec les structures déconcentrées de l'Etat. Il développe des partenariats, notamment sur les actions vers le public scolaire, avec le Rectorat de l’académie d’Orléans-Tours et l’académie de Poitiers. Il entretient des liens étroits avec les délégations régionales académique à la recherche et à l'innovation (DRARI) Centre-Val de Loire et Nouvelle-Aquitaine, chargées de mettre en œuvre la politique du gouvernement en matière recherche, de technologie et d'innovation, de diffusion de la culture scientifique et technique dans les régions.

Les laboratoires de Centre Limousin Poitou Charente construisent des partenariats privilégiés avec les industriels et assurent le transfert des résultats de la recherche vers le monde industriel. Ces actions prennent la forme de laboratoires ou d’équipes communes avec des industriels. Le CNRS apporte une contribution importante à toute la chaîne de l’innovation et soutient les porteurs de projets d’entreprises innovantes.